昌都市坐落在群山懷中，它被稱作從四川和云南入藏的門戶。昌都是藏語，其意為“水匯合處”。扎曲和昂曲在昌都相匯為瀾滄江，這也是昌都這一名稱的由來。
昌都古稱“康”或“客木”，以區別于衛、藏、阿里等地區。昌都具有悠久的歷史，1977年和1980年相繼發現的新石器時代遺址——昌都卡若遺址和昌都小恩達遺址表明，早在五千年以前，昌都就已有人類繁衍生息，并已形成了初級村落。當地的居民已開始種植易于生長的谷子，飼養適應性廣泛的家畜豬，同時也以狩獵狐、青羊、馬鹿等作為補充。昌都的察雅一帶是藏族史詩《格薩爾王》中《槳巴》所記述的格薩爾與“炯巴”人為爭奪食鹽而發生交戰的地區。按照藏族傳統的地理概念，這里同時是“朵康六崗”中的察瓦崗，系有名的產鹽之地。考古發現與實地調查，也可以發現不少當地居民傳說是“炯巴”人留下來的石墻、石階等建筑遺址。
吐蕃時期（公元7－9世紀），昌都是著名的“東女國”和蘇毗王國的所在地。據《舊唐書》第一百九十七卷《南蠻西南蠻傳》 記載：“東女國，西羌之別稱，以西海中復有女國，故稱東女焉。俗以女為王。東與茂州、黨項接，東南與雅州接，界隔羅女蠻及百狼夷。其境東西九日行，南北二十二行。有大小八十余城，其王所居名康延川，中有弱水南流，用牛皮為船以渡。”我國著名藏學家任乃強先生考證也稱，今昌都一帶為東女國的政治、經濟、文化中心。在昌都還可以看到吐蕃東女國和蘇毗王國文化的痕跡。
公元13世紀，元朝在昌都和四川甘孜設置了朵甘思宣慰司都元帥府。
明朝時藏傳佛教格魯派興起，其影響逐漸深入康區，在昌都形成若干呼圖克圖一大活佛轉世系統。明朝政府在此設置了朵甘都指揮使司，委任各地的部落酋長和各大頭人與寺廟的大喇嘛管理。明（1368－1644年）末蒙古和碩特部固始汗白利土司后，昌都也受固始汗的統治。
清朝（1616－1911年）在這個地區封委了一些大活佛和土司各轄其地，受駐藏大臣和達賴喇嘛的管理。清朝還在昌都設立了糧站，委派糧臺、游擊等文武官員駐守昌都，并從四川、云南派有制兵130名駐扎昌都，傳遞諭旨奏折，保護昌都寺大活佛和糧臺。清末趙爾豐在昌都地區的一些地方實行改土歸流，昌都地區改稱川邊。
民國（1912年）以后，是西康省的一部分。
1918年西藏地方政府將其改稱為朵麥地區，設立了“朵麥基巧”，劃昌都為25個宗。
1951年1月，昌都解放委員會成立，并下設3個管轄區，即昌都解放委員會直轄13個宗、三十九族地區第一辦事處所轄10個宗和波密地區第二辦事處所轄3個宗及鹽井、察隅共28個宗，直屬中央人民政府政務院管轄。
1956年4月西藏自治區籌備委員會成立后，昌都地區則劃規其管轄，1960年初設昌都專員公署。地區行署駐昌都鎮。
2014年10月，國務院批復撤銷昌都地區和昌都縣，設立昌都市和卡若區，以原昌都地區的行政區域為昌都市的行政區域。